銅仁歷史悠久,可以追溯到新石器時代。
秦代為黔中郡腹部地區(qū)。
漢時改隸武陵郡,蜀漢時始有縣治。
唐置萬安縣,后改常豐縣,分屬思州、錦州、黔州。
宋末元初設(shè)思州、思南兩宣慰司。
銅仁原名銅人,相傳元朝時有漁人在銅巖處潛入江底,得銅人三尊。元代設(shè)置“銅人大小江蠻夷軍民長官司”。隸屬思南宣慰司。明永樂十一年撤思州、思南宣慰司,于今境地設(shè)銅仁、思南、石阡、烏羅4府,均隸屬于由此而設(shè)置的貴州布政使司。明正統(tǒng)三年(公元1438年)廢烏羅府,其大部并入銅仁府。銅仁由此得名。
清代銅仁建置無變化。
民國元年(公元1912年)撤銅仁縣(治所今江口縣)并入銅仁府(治所今銅仁市)。
民國2年(1913年)改銅仁府為銅仁縣(治所今銅仁市);同時,改思南府為思南縣,改石阡府為石阡縣,改松桃直隸廳為松桃縣。另外,恢復原銅仁縣(治所今江口縣)改名江口縣,安化縣改名德江縣,以原思南府沿河佑溪吏目駐地設(shè)沿河縣,以原銅仁府省溪吏目設(shè)省溪縣(今萬山特區(qū))。玉屏縣、印江縣建置不變。
民國3年(1914年)以原銅仁縣正大營縣丞駐地設(shè)正大營分縣,隸屬松桃縣兼管;以原四十八溪主薄駐地設(shè)四十八溪(今甘龍口)分縣,隸屬松挑縣兼管。
民國24年(公元1935年)6月,經(jīng)國民政府軍事委員會委員長行營核準,在貴州省建立11個行政督察區(qū)。其中第六行政督察區(qū)專員公署駐思南,轄思南、德江、印江、沿河、石阡等縣,第五行政督察區(qū)專員公署駐銅仁轄銅仁、江口、松挑、玉屏、省溪等縣。
民國25年(1936年)1月,正大營分縣并入銅仁縣,甘龍口分縣并入松桃縣。同年3月,全省縮編為8個督察區(qū),第六督察區(qū)專員公署駐銅仁,轄銅仁、江口、松桃、玉屏、石殲、省溪、思南、德江、印江、沿河、后坪(治所今沿河縣后坪鄉(xiāng))13縣。
民國26年(1937年)11月,督察區(qū)重新設(shè)置,德江、后坪2縣劃屬第五督察區(qū)(治所今遵義市),其余9縣隸屬第一督察區(qū)(治所今鎮(zhèn)遠縣)。
民國30年(1941年)撤省溪縣,轄地分別并入銅仁、玉屏2縣;撒后坪縣,轄地分別并入沿河、務(wù)川2縣。民國32年(1943年)2月,全省改設(shè)6個行政督察區(qū)。第六督察區(qū)專員公署駐銅仁,轄銅仁、江口、玉屏、松桃、印江、石阡、思南、德江、沿河9縣。
1950年1月12日,銅仁地區(qū)全境解放,當年設(shè)銅仁專區(qū),專員公署駐銅仁縣,轄銅仁、玉屏、松挑、江口、印江、石阡、思南、德江、沿河9縣。
1956年9月撤銷松桃縣,設(shè)立松桃苗族自治縣。1958年12月撤銷玉屏、江口二縣,并入銅仁縣。1961年8月恢復玉屏、江口兩縣。
1966年12月設(shè)立萬山特區(qū),1968年9月撤銷,1970年8月恢復萬山特區(qū)。
1979年1月撤銷銅仁地區(qū)革命委員會正式設(shè)立銅仁地區(qū)行政公署(筒稱行署),作為貴州省人民政府行政派出機關(guān)的現(xiàn)行建制。
1983年9月7日國務(wù)院批準撤銷玉屏縣建立玉屏侗族自治縣,原行政區(qū)域不變;1986年10月7日國務(wù)院批準撤銷沿河縣,設(shè)立沿河土家族自治縣,原行政區(qū)域不變;1986年12月13日,國務(wù)院批準撤銷印江縣,設(shè)立印江土家族苗族自治縣,原行政區(qū)域不變。1987年8月21日國務(wù)院批準撒銷銅仁縣,設(shè)立銅仁市,原行政區(qū)域不變。
1984年1月將人民公社改為鄉(xiāng),通過建鄉(xiāng)建鎮(zhèn)調(diào)整,全區(qū)鄉(xiāng)級行政區(qū)劃分60個區(qū)。
1987年新建民族鄉(xiāng)79個,鄉(xiāng)級建制為60個區(qū),10個區(qū)級鎮(zhèn),區(qū)(鎮(zhèn))下轄315個鄉(xiāng)、22個鄉(xiāng)級鎮(zhèn),83個民族鄉(xiāng)。
1991年全區(qū)通過“建并撤”并報經(jīng)省人民政府批復,自此開始建置為39個鄉(xiāng)、56個民族鄉(xiāng)、69個鎮(zhèn)、4個街道辦事處。
2011年10月22日,撤消銅仁地區(qū)設(shè)地級銅仁市,撤消原縣級銅仁市設(shè)碧江區(qū),以原縣級銅仁市行政區(qū)域為新的碧江區(qū)行政區(qū)域;撤消萬山特區(qū),設(shè)銅仁市萬山區(qū)。